L’Istituto Italiano di Preistoria e Protostoria fu fondato il 30 ottobre 1954 a Firenze per iniziativa di un Comitato promotore, costituito dai Professori M. Bertolone, G. Devoto, S. Ferri, P. Graziosi, P. Leonardi, C. Maviglia, M. Pallottino, F. Rittatore, E. Tongiorgi, L. Trevisan, F. Zorzi, ed ebbe sede nello storico Convento delle Oblate (sec.XIV), di proprietà del Comune di Firenze, che già ospitava il Museo Fiorentino di Preistoria e la Rivista di Scienze Preistoriche.
Firenze fu scelta come sede sociale del nuovo sodalizio perché in questa città, nel 1912, era stata fondata la prima istituzione italiana per lo studio della più antica umanità, il Comitato per le Ricerche di Paleontologia Umana in Italia, che aveva dato grande impulso alle ricerche sull’uomo fossile.
L’Istituto Italiano di Preistoria e Protostoria si costituì come federazione di Istituti scientifici, con lo scopo di coordinare, favorire ed intensificare l’attività scientifica degli istituti ed enti universitari ed extrauniversitari specializzati nello studio delle civiltà preistoriche e protostoriche. La necessità di una tale istituzione era particolarmente sentita in Italia, per la mancanza di un organismo stabile in grado di assicurare la collaborazione e la interdisciplinarietà fra Enti di ricerca e studiosi operanti con metodi diversi, o in campi circoscritti a determinati periodi della Preistoria e della Protostoria. L’Istituto si proponeva quindi come centro di scambi e attività, affinché le varie discipline unissero i loro sforzi nel comune interesse della conoscenza della più antica storia dell’uomo.

L’Istituto è stato riconosciuto Ente morale nel 1961 con D.P R. n. 1069; svolge la sua attività attraverso gli organi statutari: Assemblea dei soci (attualmente oltre duecento fra Soprintendenze archeologiche, Dipartimenti universitari, Musei, Istituti culturali e singoli studiosi), Consiglio direttivo, Presidente. A partire dall’anno della fondazione sono stati Presidenti i Proff. G. Devoto (1954-1955), P. Leonardi (1956-1957), A. Chiarugi (1958-1960), P. Graziosi (1961-1988), A.M. Radmilli (1988-1998), C.Peretto (1998-2000), M. A. Fugazzola (dal 2000- 2003), A. M. Sestieri (2003-2009), R. C. de Marinis (dal 2009).
Dal 1984 l’Istituto è stato inserito nella Tabella degli Istituti Culturali ai quali viene assegnato un contributo annuale dal Ministero per i Beni Culturali e Ambientali, ai sensi della legge 2.4.1984, n. 123.
Nel 1988, a seguito delle disposizioni testamentarie del Prof Graziosi, l’Istituto è entrato in possesso di un importante fondo librario (fondo “P. Graziosi”), di un ingente archivio fotografico specializzato nel campo dell’arte preistorica, nonché della “Rivista di Scienze Preistoriche”.
Nel corso del 1999 sono state approvate alcune modifiche allo Statuto, volte ad allargare la partecipazione degli studiosi di Preistoria e Protostoria alla vita dell’Istituto.